Le Muséum de Besançon forme avec le jardin zoologique, l’aquarium, l’insectarium, le noctarium et le climatorium, un ensemble particulièrement original rare en France. Labellisé "Musée de France", le muséum mêle des collections de sciences naturelles, de sciences de la Terre et d'ethnologie africaine.
Le musée présente ainsi l’une des collections d’ethnographie régionale les plus riches de France.

Toute l'année, des expositions temporaires mettent en lumière certaines thématiques historiques ou scientifiques et permettent ainsi au public d'approfondir leurs connaissances.