Aménagé dans la Citadelle, le musée de la Résistance et de la Déportation de Besançon présente de manière didactique la mémoire des pages sombres du XXe siècle et du temps de guerre. La citadelle elle-même fut le théâtre de terribles événements où nombre d'hommes ont péri.
La guerre, la défaite, la Résistance sont ici évoquées avec un grand souci pédagogique.

Le musée programme régulièrement, avec le soutien du ministère de la Culture, des expositions temporaires qui permettent de valoriser les collections, de développer un aspect historique spécifique de la période et d’inviter des artistes.