Le culte de saint Michel est introduit en 708 sur le mont Tombe par saint Aubert, évêque d’Avranches, qui y établit un sanctuaire en son honneur à la suite d’un songe. Le Mont devient alors l'un des plus grands centres de pèlerinage de la chrétienté médiévale.

En 966, le duc de Normandie confie le sanctuaire à des Bénédictins de Saint-Wandrille. Les moines construisent une magnifique abbaye que les hommes du Moyen Age considéraient comme l’image de la Jérusalem céleste sur terre. Ils élèvent au cours des XIe et XIIe siècles un monastère roman dont la grande église est implantée au sommet du rocher. Une partie de cette abbaye disparaît en 1204 dans un incendie ; elle est remplacée par le célèbre bâtiment de la Merveille, qui comprend des salles d’accueil pour les pèlerins (aumônerie et salle des hôtes) et des logis strictement réservés aux moines (scriptorium, réfectoire des moines).

Durant la guerre de Cent Ans, le village qui se blottit au pied de l’abbaye est entouré de puissants remparts. L’héroïque résistance du Mont aux Anglais en fait un lieu symbolique de l’identité nationale. Le chœur de l’église, qui s’est effondré en 1421, est remplacé dès la paix revenue par un superbe édifice gothique flamboyant. L’abbaye offre ainsi un panorama exceptionnel de toute l’architecture médiévale. En 1790, les moines quittent leur monastère qui est ensuite transformé en prison jusqu’en 1863.

Après son classement comme Monument historique en 1874, de grands travaux de restauration permettent au monument de retrouver sa splendeur passée.